Svenskarna var synnerligen motsträviga när det gällde att acceptera den nordiska unionen, och den 8 november 1520 gjorde Christian upp med de svenska unionsmotståndarna genom att anställa den massavrättning som senare kom att kallas "Stockholms blodbad". I Sverige fick han i ljuset av detta det mindre smickrande tillnamnet "Christian Tyrann", men i Danmark, inklusive Skåne, kallades han på grund av sin omsorg om befolkningen där tillnamn som "Christian den gode" eller "Christian bondekjær". Adeln däremot, ansåg att kungen inskränkte deras rättigheter alltför mycket och kände sig hotade av hans aggressiva politik gentemot ståndet. Detta resulterade 1523 i att jylländska adelsmän helt sonika krävde kungens avgång och samma år tvingades Christian lämna Danmark-Norge tillsammans med sin familj och en skara trogna följeslagare. 1531 återvände han till Norge i spetsen för en flotta.

Efter långa förhandlingar upplöste Christian sin här mot att han fick fri lejd till Danmark och Frederik I där. Detta accepterades först av hans motståndare, men löftet bröts sedan svekfullt, och Christian fängslades och insattes den 9 augusti 1532 på Sønderborg slott. 1546 gav Christian II slutligen officiellt avkall på rätten till de tre nordiska rikena och 1549 fördes han till en lindrigare fångenskap på Kalundborg slott, där han också dog den 25 januari 1559. Han gravsattes i Gråbrödraklostret i Odense. 1805 flyttades kungens jordiska rester över till S:t Knuds kyrka i samma stad.

Den första konfrontationen mellan Ulfeldt och kungen kom efter det förödande kriget mot Sverige där Danmark vid freden i Brömsebro 1645 fick avträda bl a Halland på 30 år. Christian IV, som sannerligen själv hade stor del i nederlaget, lastade över en hel del av skuldbördan på Ulfeldt. Han anklagades bl a för att ha försummat flottans utrustning genom att inte ha anslagit de pengar som behövdes för nödvändiga förbättringar på skeppen, vilket enligt kungen skulle ha kunnat vänt nederlaget i seger. Sedan gjorde det inte saken bättre att Ulfeldt dessutom var dansk chefsförhandlare i Brömsebro, och en ganska slätstruken sådan. Efter denna kungliga skrapa avsade sig Ulfeldt alla uppdrag och drog sig undan offentlighetens ljus. 1646 togs han till nåder igen och skickades till Holland för att där upprätta en militär allians mellan Danmark och Holland.

När Christian IV dog 1648, styrde Ulfeldt under flera månader Danmark innan Frederik III blivit installerad som kung. Därefter reste Ulfeldt åter till Holland och medan han befann sig där inleddes en undersökning mot honom i Danmark där hans finansadministration granskades. Nu började Corfitz Ulfeldts tillvaro succesivt att slås i spillror. I december 1650 anklagade äventyrerskan och fyllkajan Dina Vinhofers och en överste Walter honom för att ha försökt förgifta kungen. Anklagelsen befanns helt grundlös, vilket den också var, och Vinhofers avrättades för detta medan överste Walter landsförvisades. Detta blev blott en tillfällig andhämtningspaus för Ulfeldt, ty den 13 juli 1651 beseglades hans öde definitivt. Denna dag signerade Frederik III ett dokument i vilket en hel rad med anklagelsepunkter mot Ulfeldt nertecknats, bl a att han misstänktes ha förskingrat hundratusentals daler från öresundstullen vilken han personligen administrerade. Dagen därpå flydde Ulfeldt med sin familj till Holland och därifrån tog de sig först till drottning Kristina i Stockholm och sedan till det svenska Stralsund. I Danmark blev Ulfeldts samtliga gods konfiskerade och indragna till staten, hustrun Leonora Christine fråntogs sin grevinnetitel och Danmark klippte av alla band med Corfitz Ulfeldt och dennes familj. Hösten 1652 tog sig Ulfeldt åter till Stockholm för att hetsa Karl X till krig mot Danmark. Detta misslyckades emellertid, den svenske kungen gick istället mot Polen. Först sommaren 1657 när Karl X Gustav bestämt sig för att invadera Danmark lät han kalla till sig Corfitz Ulfeldt och bad då denne att han skulle följa med vid den svenske kungens sida under hela det danska fälttåget. Från denna tidpunkt blev Corfitz Ulfeldt en del av den svenska hären, och som fiende drog han nu genom sitt eget fosterland och bar därmed en stor del av ansvaret för tusentals av sina forna landsmäns bråda död. Han lånade dessutom välvilligt, och ur egen ficka, Karl X Gustav det svindlande beloppet av 150 000 riksdaler. Pengar som han med stor sannolikhet stulit från den danska staten.

Sålunda kunde den svenske kungen, med en dansk landsförrädare vid sin sida och med den danska statens pengar i sina fickor, erövra nästan hela Danmark. 1658 utnämndes Ulfeldt till en av guvernörerna över Skåne och förvärvade då bl a Jacob Nickelsens hus (nuvarande Tunneln) på Adelgatan 4 i Malmö. När han i maj 1659 föll i onåd hos Karl X dömdes han till husarrest där i väntan på rättegång. Än en gång lyckades han emellertid fly från sina vedersakare och så småningom dog han som en utfattig och jagad man ombord på en båt på Rhen.

I början av februari 1644 bröt Gustav Horn in i Skåne norrifrån med 10 000 man och detta blev inledningen till ett av de mest hänsynslösa och grymmaste krig som någonsin utkämpats på skånsk jord och som i skånsk historieskrivning gått till eftervärlden som Horns krig. Detta krig var så grymt, att det faktiskt levde kvar i skåningarnas sinnen ända in på 1900-talet! Om detta vittnar åtskilliga historier som först vidare från generation till generation. Gustav Horn lade under kriget större delen av Skåne under sig, men den viktigaste danska försvarspunkten i Skåne, Malmö, höll ännu 1644 stånd. Gustav Horn påbörjade i maj 1644 en belägring av Malmö som varade fram till den 27 september 1644 när han tvingades dra sig tillbaka. Anledningen till reträtten var följande: I augusti samma år hade Christian IV lyckats samla en fynsk-själländsk härstyrka på 10 000 man fotfolk och 4 000 ryttare och med den hären, som var numerärt överlägsen den svenska, ställde man den 20 september upp utanför Malmö för att möta fienden i ett avgörande slag. Det hela rann emellertid, bortsett från några mindre skärmytslingar, ut i sanden och något huvudslag utkämpades aldrig mellan de danska och svenska härarna. Gustav Horn slog till reträtt och förföljdes sedan av den danska hären norrut ända tills svenskarna förpassats ut ur det danska riket.

Skåne var därmed befriat men stora delar av det övriga Danmark hölls fortfarande i ett järngrepp av svenskarna, men den svenska kniptångsmanövern hade misslyckats och Danmark krossades som bekant inte under Horns krig. Gustav Horn upphöjdes 1651 till greve av Björneborg och förlänades åtskilliga kronogods i Finland. Två år senare utnämndes han till riksmarsk, generalfältherre och president i krigskollegium.

Inom den svenska administrationen var Gyllenstierna så avskydd att man vid riksdagen 1678 gjorde ett försök att störta honom, men detta misslyckades och stärkte istället hans ställning ytterligare. Inför Frankrikes förmyndarroll i samband med fredsförhandlingarna i Lund 1679 mellan Danmark och Sverige, rådde Gyllenstierna Karl XI att försöka få ett danskt-svenskt förbund till stånd genom vilket de nordiska länderna gemensamt skulle kunna upprätthålla herraväldet på Östersjön. Planerna på ett sådant förbund, vilket bl a syftade till en gemensam utrikespolitik och en gemensam valuta hann aldrig realiseras, ty den 10 juni 1680 dog Johan Gyllenstierna helt oväntat och med honom hela den storslagna skandinaviska förbundstanken.

Härjningståget gick vidare till ärkebiskopsgården Borgeby, som brändes ner, och därefter drog man mot Lund. Där gjorde Karl Knutsson ett litet uppehåll i ett försök att förmå ärkebiskop Tuve att gå över till svenskarnas sida. Denne sade att han behövde betänketid och medan man väntade på hans svar tog man en sväng till Värpinge gård, som brändes, och vid Dalby besegrade man en skånsk bondehär så grundligt att "Där dödde 150 och än mera, och grepos 2 000 eller flera." Tillbaka i Lund igen upptäckte Karl Knutsson att ärkebiskopen hade gjort sig redo att försvara sig med vapen i hand och icke alls tänkt sig dagtinga med honom och då antände svenskarna staden och enbart tack vare ärkebiskop Tuves hårdnackade motstånd kunde Lundagård och domkyrkan räddas.

Vid denna strid tillfogades svenskarna dessutom avsevärda förluster och drog sig därför tillbaka norrut. Samtidigt började provianten tryta i Karl Knutssons här, men detta hindrade inte svenskarna från att under sin väg lägga Vä i aska, Ivar Axelsen Thotts Härlöv samt ett flertal andra herrgårdar inklusive den ärkebiskopliga gården Jälltofta. Vidare lät den svenske kungen härja, mörda och bränna i Åhus, lägga Sölvesborg i aska samt utpressa 1 000 lödiga mark ur de fattiga skogsbönderna i Göinge innan han slutligen drog sin här tillbaka över gränsen.

Karl X Gustavs äregirighet stannade emellertid inte vid detta. Han hade även för avsikt att lägga hela Danmark-Norge under sig och låta sig krönas i Lunds domkyrka med Sveriges kungakrona på sitt huvud och Danmark-Norges vid sina fötter. Av detta blev dock intet. Efter en lång belägring av Köpenhamn 1658 -59, förlorade svenskarna vid den slutgiltiga stormningen av staden, i december 1659. Flera faktorer bidrog till det svenska nederlaget, bl a en av Erik Dahlberg felaktig ritad karta över Köpenhamns försvarsverk, danskarnas heroiska försvarskamp, samt den holländska flottans knappa seger över den svenska i Öresund. Ett par månader senare året därpå insjuknade kungen i lunginflammation och dog den 13 februari 1660 i Göteborg. Karl X Gustav gravsattes den 4 november samma år i Riddarholmskyrkan i Stockholm. Han har gått till historien som en skicklig strateg, men övriga personliga drag är mindre smickrande; hänsynslöshet, ringa lyhörhet för andras meningar samt en omåttlighet i både mat och dryck vilket resulterade i en milt uttryckt "rondör av kungligt mått".

Genom sitt styre ville hon säkra den inre freden i Danmark samt tillse att kronan bibehöll sin maktställning. I detta sammanhang sökte hon och fick starkt stöd från kyrkan och kunde därigenom hålla den sturska adeln i strama tyglar. Bl a förbjöd hon uppförandet av nya adelsborgar. 1385 fick hon hanseaterna, om än motsträvigt, att återlämna västra Skåne som de haft i pant under 15 år. Även holsteinarna tvingades inse att det från denna tidpunkt var Danmark som hade överhögheten över Sönderjylland. Efter Olufs död på Falsterbohus 1387 valdes Margrete enhälligt av både danskar och norrmän till "fuldmægtig frue og husbonde og hele rigets formynder". Med den svenska adelns hjälp segrade Margrete 1389 över Albrecht av Mecklenburg i slaget vid Åsle nära Falköping, och denne togs då tillfånga och sattes in på Lindholmens slott i Skåne och Margrete valdes därefter till härskare även över Sverige. De regler som uppställdes för det förenade Nordens styre vid mötet i Kalmar 1397, den s k Kalmarunionen, tillfredsställde emellertid inte Margrete det minsta. Hon var inte vad vi i dagligt tal menar med "skandinav", utan önskade istället att de tre länderna skulle styras av enbart danska och tyska ämbetsmän.

Vid mötet i Kalmar lyckades hon få sin systerdotterson Erik av Pommern krönt till nordisk unionskung och säkrade sin egen makt i Danmark gentemot adeln genom att låta riva åtskilliga adelsborgar och förbjöd uppförandet av nya. Ett annat led i kampen mot adeln bestod i att alla höga poster inom landet besattes med icke-adliga personer. Under Margretes regeringstid började man avfatta enstaka regeringsbrev på danska språket, för att dessa skulle bli tillgängliga för hela den läskunniga befolkningen. Drottning Margrete, en av de mest framstående regenterna i Nordens historia, dog den 28 oktober 1412 av pest ombord på sitt skepp i Flensborg fjord. Hon gravsattes först i Sorø men flyttades den 4 juli 1413, på order av biskop Peder Lodehat, över till Roskilde domkyrka.